Трофическая и регулирующая функция организмов могут очень сильно отличаться по эффекту.
Регулирующее участие в экосистемах хорошо и внимательно изучаются почвоведами, микробиологами, и многими другими специалистами в области живых систем.
Цитата: «Участие организмов в экосистемах может быть прямым и косвенным. Прямое использование метаболизма в ходе химических реакций служит для получения энергии, углерода, азота, минеральных элементов. Косвенное предполагает обратную связь, когда организмы влияют на функционирование экосистем благодаря собственному присутствию и активности. Такие процессы названы регулирующими, поскольку вызывают намного большие потоки энергии и массопереноса, чем собственные метаболические потребности. Прямой вклад прямо пропорционален плотности и физиологическому состоянию организмов, а косвенный может вызываться малым воздействием, например изменением структуры почвы, влиянием на активность других организмов.» из статьи «Невидимые миры почвы»
Из этого описания можно сделать вывод, что прямое участие в биоценозе не исчерпает, то воздействие, которое организм оказывает на среду своего обитания.
В почве:
| Функция | Организм |
| Деструкция растительных остатков | Животные и микроорганизмы |
| Разложение целлюлозы | Грибы |
| Фиксация атмосферного азота | Бактерии |
Беспозвоночные активно поедают грибы. При размножении червя происходят изменение в соотношении мицелиальных грибов/бактерий: в почве бактерий становится больше, а грибов меньше. Не все грибы одинаково привлекательны для дождевого червя, они чаще используют в пищу грибы, содержащие в гифах темный пигмент меланин.
Пищеварительный тракт беспозвоночных носит без кислородный характер (это анаэробная зона в почве). Тут размножаются микроорганизмы способные развиваться при отсутствии О2.
Кроме того пищеварение червя селективно. В пищеварительном тракте дождевого червя часть микроорганизмов убивается, а часть наоборот подвергается росту и размножению (то есть их выходит вместе с копролитами намного большее, чем было в заглоточном червем субстрате.